Samuel Pepys n’a pas manqué de consigner la catastrophe dans son Journal (en date du 2 septembre, 12 septembre nouveau style, jour du Seigneur, pages 359‑360) :
« Vers trois heures du matin, Jane {a} vint nous appeler pour nous dire qu’on voyait un grand incendie dans la Cité. Je me levai pour aller à la fenêtre. Je jugeai que c’était au plus loin à Mark Lane, trop loin tout de même pour être dangereux, à mon avis ; aussi je me recouchai et me rendormis. Vers sept heures, en me levant pour m’habiller, je vis que l’incendie s’était calmé et semblait plus éloigné. Aussi je commençai à mettre de l’ordre dans mon cabinet qu’on avait nettoyé à fond hier. Bientôt Jane vint me dire que plus de 300 maisons avaient brûlé cette nuit et que le feu continuait près du Pont de Londres. Je m’apprêtai et me rendis à la Tour. De là-haut je vis les maisons de ce côté du pont toutes en flammes et un immense incendie s’étendant au delà. Je redescendis tout bouleversé trouver le lieutenant de la Tour qui me raconta que cela avait commencé ce matin chez le boulanger du roi dans Pudding Lane et que l’église Saint-Magnus était déjà détruite. Descendu au quai, je pris une barque et passai sous le pont. Là j’assistai à des scènes lamentables. Les gens tentaient de sauver leurs biens, les lançaient sur les quais ou les entassaient dans des barques. De pauvres pigeons, ne se décidant pas à quitter leurs maisons, voletaient autour des fenêtres et des balcons jusqu’au moment où ils tombaient, les ailes roussies. Au bout d’une heure, je vis que le feu faisait rage dans toutes les directions et que personne, autant que je pouvais m’en rendre compte, n’essayait de l’éteindre. Les gens ne pensaient qu’à mettre leurs affaires à l’abri et laissaient ensuite brûler les maisons. Le vent très violent poussait l’incendie vers la Cité. Après une si longue sécheresse, tout était combustible, même les pierres des églises. »
- La servante de Pepys.
Du 12 au 15 septembre, l’incendie ravagea Londres, détruisant 13 200 maisons et 87 églises (dont la cathédrale Saint-Paul) : 70 000 des 80 000 habitants de la Cité y perdirent leur logis ; seuls furent épargnés le quartier aristocratique de Westminster et les faubourgs où logeaient les pauvres. On accusa les ennemis d’alors, Hollandais, Français et autres papistes, d’avoir favorisé l’entretien et la propagation du feu.
